Vesienhoidon tavoitteena on saada pinta- ja pohjavedet vähintään hyvään tilaan ja estää hyvälaatuisten vesien tilan heikkeneminen. Tavoitteiden saavuttamiseksi on laadittu vesienhoitosuunnitelmat ja niiden tausta-aineistona olevat yksityiskohtaisemmat toimenpideohjelmat. Pirkanmaan maakunnan alueelle laadittu Pirkanmaan vesienhoidon toimenpideohjelma on osa Kymijoen - Suomenlahden vesienhoitoalueen sekä Kokemäenjoen - Saaristomeren - Selkämeren vesienhoitoalueen vesienhoitosuunnitelmia kaudelle 2022–2027.

Suurin osa Pirkanmaan luokitelluista järvistä on tilaltaan erinomaisia tai hyviä (78 %), jokien kohdalla vastaava luku on 45 %. Vesien tilaa heikentää erityisesti hajakuormitus, joka on pääosin peräisin maa- ja metsätaloudesta sekä haja-asutuksesta. Paikoitellen myös pistekuormitus heikentää vesien tilaa. Jokimuodostumat ovat järviä heikommassa tilassa, mihin vaikuttavat kuormituksen lisäksi ihmistoiminnasta aiheutuneet jokiuomien rakenteelliset ja hydrologiset muutokset.

Pintavesien hyvä kemiallinen tila on osa vesienhoidon tavoitteita. Palonestoaineena käytettyjen bromattujen difenyylieettereiden vuoksi vesien kemiallinen tila on hyvää huonompi kaikissa Suomen pintavesissä. Pirkanmaalla vesien kemiallinen tila on paikoitellen hyvää huonompi myös ahventen elohopeapitoisuuksien vuoksi. Suomessa järvikalojen elohopeapitoisuuden arvioidaan nousseen pääasiassa ilman kautta tulevan elohopean johdosta.

Pirkanmaan pohjavesialueista 32 on nimetty ns. riskialueiksi, joilla ihmistoiminta on heikentänyt tai voi merkittävästi heikentää pohjaveden tilaa. Näistä 7 on huonossa kemiallisessa tilassa ja yksi määrällisesti huonossa tilassa. Pirkanmaan maakunnassa pohjavedelle riskiä aiheuttavia toimintoja ovat mm. teollisuus ja yritystoiminta, liikenne sekä yhdyskunnat.

Riskissä olevien pohjavesialueiden sekä tilaltaan heikentyneiden järvien, jokien ja pohjavesialueiden tilan heikentymisen syyt on kuvattu toimenpideohjelmassa ja esitetty toimenpiteitä tilan parantamiseksi. Toimenpiteiden suunnittelussa on käyty läpi pinta- ja pohjavesiin vaikuttavat toimintamuodot ja kuormitustekijät.

Vesienhoidon toimenpiteiden suunnittelulla on pyritty löytämään mahdollisimman kustannustehokkaat toimenpidekokonaisuudet, joilla vesienhoidon ympäristötavoitteet saavutetaan. Asiakirjat on valmisteltu sidosryhmien kanssa yhteistyössä ja kansalaisia, viranomaisia sekä muita tahoja on kuultu useissa eri vaiheissa.