Maatalouden ympäristönsuojelun edistäminen luomutuotantoa tukemalla voi olla myös taloudellisesti järkevä vaihtoehto. Saavutettavien ympäristöhyötyjen lisäksi luomuviljelyyn siirtymistä voidaan useimmissa tapauksissa perustella myös tila- ja kansantaloudellisilla syillä. Täydellinen elintarvikeomavaraisuus olisi mahdollista säilyttää myös luomumenetelmin ja samalla koko maan peltoala voitaisiin pitää aktiivisessa viljelykäytössä. Maatalouden panosomavaraisuus olisi laajamittaisessa luomutuotannossa myös nykyistä parempi, todetaan Maatalouden taloudellisen tutkimuslaitoksen tuoreessa julkaisussa Luomu-Suomi?, joka on samalla kolmivuotisen MATYVA-projektin (Maatalouden tuotantovaihtoehtojen ympäristötaloudelliset vaikutukset) loppuraportti. Maatalouden taloudellisen tutkimuslaitoksen koordinoiman MATYVA-projektin tavoitteena on ollut vertailla tavanomaista ja luomumaataloutta mahdollisimman monipuolisesti maatilan, yhteiskunnan ja ympäristön kannalta. Erityisesti on painottunut ympäristönäkökulma, sillä tavanomaisella tuotannolla on todettu olevan monia haitallisia ympäristövaikutuksia, joihin tuotantotekniikan muutoksella voidaan melko todennäköisesti vaikuttaa. Luomuviljely eroaa tavanomaisesta lähinnä siten, että siinä ei käytetä lainkaan väkilannoitteita ja kemiallisia torjunta-aineita, jotka muodostavat ns. tavanomaisen eli teknis-kemiallisen maatalouden perustan. Näiden sijaan luomuviljely käyttää hyväkseen luonnon omaa kierrätysjärjestelmää eli ravinteiden kiertoa ekosysteemissä. Tavanomaisen tuotannon muuttaminen luomutuotannoksi olisi maatilalla monen tuotantosuunnan kohdalla taloudellisesti yhtä hyvä vaihtoehto kuin jatkaa entisellä tuotantomenetelmällä. Tämä on seurausta EU:n maatalouspolitiikasta. Koska EU:n alueella lähes kaikista maataloustuotteista on ylituotantoa, maatalouden tukipolitiikassa korostuu tuotannon määrästä riippumaton tuki (peltoalaperusteinen ja kotieläin- tai kotieläinyksikkökohtainen tuki), jolla pyritään turvaamaan viljelijöiden tulotaso, mutta samalla hillitsemään tuotantoa. Tämä suosii laajaperäisempiä viljelymenetelmiä, joista ääripäänä voidaan nähdä luonnonmukainen tuotanto. Viljelyjärjestelmän vaihtaminen toiseen riippuu maatilalla paljolti viljelyjärjestelmien suhteellisesta kannattavuudesta sekä tarvittavista investoinneista. Kolme vuotta kestävän siirtymävaiheen aikana ennen vuotta 1997 sopimuksen tehnyt luomuviljelijä saa tällä hetkellä melko runsaat tuet (1600 mk/ha) ja pääasiassa tästä syystä luomutuotanto on tavanomaiseen nähden kilpailukykyinen koko maassa ja useimmissa tuotantosuunnissa. Siirtymävaiheen jälkeen luomutuotannolle maksettava kiinteä tuki on tällä hetkellä 700 mk/ha koko maassa. Tämä tuki ei kaikissa tapauksissa riitä kattamaan luomutuotannon pienempien tuotosten aiheuttamia tulonmenetyksiä, ja jos tuotteista ei saada korkeampaa hintaa, luomuviljely kannattaa maito-, naudanliha- ja viljatiloilla hieman heikommin kuin tavanomainen tuotanto. Suuria eroja kannattavuudessa ei kuitenkaan ole. Kuitenkin sianlihan- ja puutarhatuotannossa luomuun siirtyminen edellyttää tilan toiminnassa lähes poikkeuksetta suuria muutoksia. Kansantalouden kannalta luomutuotantoon siirtyminen olisi pääsääntöisesti hyvä asia. Luomuviljelyssä eräitä maatalouden tuontipanoksia korvataan kotimaisella työllä, mikä vähentäisi kokonaistuontia noin prosentilla ja kasvattaisi työllisyysastetta arviolta noin yhdellä prosenttiyksiköllä. Työllisyyden lisääntyminen on seurausta luomuviljelyn alemmista tuotostasoista ja siten tarvittavasta suuremmasta viljelyalasta, jotta vastaava määrä maataloustuotteita voitaisiin tuottaa. Tuonnin väheneminen koostuisi lähinnä rehujen, väkilannoitteiden ja torjunta-aineiden tuontitarpeen poistumisena. Vakavana ongelmana voidaan pitää sitä, että elintarvikeketjussa olisi todennäköisesti tehtävä mittavia uudelleenjärjestelyjä, jos laajamittaisesti tuotetuista luomuraaka-aineista haluttaisiin saada täysin säännösten mukaisia luomujalosteita. Nykyinen jalostusteollisuuden trendi, jossa tuotantoyksiköitä on vähennetty ja suurennettu, on ristiriidassa luomuviljelyssä keskeisenä olevan tuotannon ja kulutuksen paikallisuuden periaatteen kanssa. Vaihtoehtoisina kehitysnäkyminä voidaan olettaa paikallisen jalostustoiminnan lisääntyminen joko maatiloilla tai pienosuuskunnissa, tai paikallisuuden käsitettä joudutaan laventamaan hyväksymällä nykyisenkaltaiset, pitkähköt kuljetusmatkat. Maatalouden ympäristötaloudelliset vaikutukset riippuvat yhtä lailla viljelytoiminnasta kuin myös yhteiskunnan muiden osapuolien arvoista ja asenteista. MATYVA-projektissa tutkittiin ehdollisen arvottamisen menetelmällä (contingent valuation) kotitalouksien maksuhalukkuutta torjunta-aineiden käytön vähentämisestä tai lopettamista. Tutkimuksen mukaan kotitaloudet olivat valmiita maksamaan torjunta-aineiden käytön lopettamisesta keskimäärin 1200 mk ja käytön puolittamisesta 1600 mk vuodessa. Maaseutumaiseman säilymisestä ennallaan oltiin valmiita maksamaan noin 400 mk vuodessa. Voidaan siis päätellä, että kuluttajat ovat valmiita maksamaan nykyistä ympäristöystävällisemmistä maatalouden tuotantomenetelmistä. Luomuelintarvikkeita jo nyt käyttävät kuluttajat perustelevat niiden käyttöä pääasiassa tuotteiden puhtaudella, terveellisyydellä, kokeilunhalulla ja maulla. Ympäristönsuojelulliset syyt luomutuotteiden käytön syynä ovat vähentyneet viime aikoina. Tämä on päinvastainen suhtautumistapa luomutuotteisiin kuin muissa pohjoismaissa, joissa ympäristösyyt ovat tärkeimpiä luomutuotteiden valintaperusteita. Ilmeisesti Suomessa tavanomainen maatalous koetaan myös ympäristöystävälliseksi toiminnaksi, vaikka maatalouden on todettu vastaavan vielä yli puolesta maamme vesistöjen fosforin ja typen kuormituksesta.