Testit tummilla metallilangoilla ja ohran juurilla osoittivat, että oikea valotussäätö on ensiarvoisen tärkeä kalibroitaessa tasoskanneria juurten morfologisten ominaisuuksien digitaalista kuva-analyysia varten. Jos valotus oli liian kirkas, juurten digitoituminen oli epätäydellistä, minkä vuoksi kuva-analyysi antoi juurille todellista pienemmän pituuden ja leveyden. Valotuksen himmentäminen paransi digitoitumista, kun taas juurten värjääminen neljä kertaa tavallista suuremmalla värimäärällä ei sitä tehnyt. Tulokset olivat epätarkkoja myös, jos kerralla skannattiin liian suuri näyte. Itse skannaus ja kuva-analyysi aiheuttivat tuloksiin vain vähän vaihtelua. Hieman kuiva-ainetta hävisi juurista, kun niitä säilytettiin monen kuukauden ajan 15 % etanoliliuoksessa ennen skannausta. Vaikka määrä oli pieni, sitä ei voi kuitenkaan jättää ottamatta huomioon, jos tarkka tieto juurten massasta on tarpeen. Osanäytteen ottoa suositellaan käytettäväksi lyhentämään analyysimenetelmän eri vaiheiden vaatimaa aikaa.