Eläinten hyvinvointitutkimuksen tarkoituksena on sekä edistää eläinten hyvinvointia että ratkaista tuotannollisia ongelmia. Hyvinvointia pyritään mittaamaan mahdollisimman kokonaisvaltaisesti, joko arvioimalla eläimen tilaa muun muassa sen käyttäytymisen, hormonitoiminnan ja terveyden kautta tai tarkastelemalla eläimen tuotantoympäristöä ja hoitoa tilalla.