Pohjois-Karjalan ympäristökeskuksessa vuonna 2004 käynnistetyn ”Pohjois-Karjalan vesistöjen tilan parantaminen” -hankkeen tavoitteena oli selvittää 16 pohjoiskarjalaisen, hajakuormituksen rasittaman metsäjärven ekologista tilaa, siihen vaikuttavia tekijöitä sekä arvioida järvien kunnostustarvetta. Ekologisen tilan arvio tehtiin kasviplanktonin, pohjaeläinten, vesikasvien ja/tai kalaston perusteella. Veden laadun kehitystä selvitettiin pohjasedimentin piilevien avulla. Vedenlaatuun vaikuttavina tekijöinä määritettiin valuma-alueen maankäyttö ja kuormitus sekä järven ominaispiirteet.

Tulosten mukaan hankejärvistä suurin osa oli erinomaisessa tai vähintään hyvässä kunnossa, joskin järvien ekologisen tilan arvio saattoi eri biologisten luokittelutekijöiden välillä vaihdella huomattavastikin. Vuonna 2000 hyväksytty Euroopan unionin vesipuitedirektiivi (EU 2000) velvoittaa vesien hyvää tilaa vuoteen 2015 mennessä. Pohjoisen havumetsävyöhykkeen biologisesti ainutlaatuisen ja monimuotoisen vesiluonnon säilymisen edellytyksenä on vesiensuojelun huomioiminen valuma-alueella suunniteltaessa ja toteutettaessa maankäyttöön liittyviä toimenpiteitä. Oirehtivilla metsäjärvillä ja niiden valuma-alueilla tulisi myös kunnostustoimenpiteet aloittaa heti.