Etelä-Pohjanmaan vesistöjen hoito-ohjelmaan on kerätty tietoa alueen vesistöjen tilasta ja ohjelman painotus on veden laadun parantamisessa. Hoito-ohjelman tavoitteena on toimia taustamateriaalina, tukena ja käytännön suuntaviivojen antajana suunniteltaessa vesistöjen kunnostuksia ja kartoitettaessa kunnostustarpeita.

Ohjelmaa on tehty alueellisena yhteistyönä, jossa mukana on ollut seuraavien tahojen edustajia: Länsi-Suomen ympäristökeskus, Etelä-Pohjanmaan liitto, MTK / Etelä-Pohjanmaa, Kuusiokunnat, Seinänaapurit, Suupohja, Härmänmaa, Järviseutu, Pohjanmaan TE-keskuksen kalatalousyksikkö sekä Pohjanmaan vesiensuojeluyhdistys ry.

Ohjelmassa on käsitelty laajemmin Etelä-Pohjanmaan valtavirtoja eli Lapuanjokea, Kyrönjokea ja Ähtävänjokea. Lisäksi alueella virtaa osia LapväärtinIsojoesta, Teuvanjoesta, Närpiönjoesta, Purmonjoesta ja Kruunupyynjoesta. Ohjelmassa käsitellyt järvet valittiin alueellisen merkittävyyden perusteella.