Kyro älv är en del av Kumo älv-Skärgårdshavet-Bottenhavets vattenförvaltningsområde och under år 2008 har det utarbetats ett förslag till åtgärdsprogram för ån. Väsentliga frågor inom vattenvården är på Kyro älvs område diffusbelastning, strukturella förändringar och problem förorsakade av de sura sulfatjordarna. Vattendragens ekologiska status varierar på Kyro älvs område från dålig till hög. Den ekologiska statusen försvagas främst av näringsämnes-, surhets- och metallbelastning och på grund av förändringar gjorda i åns struktur. Den kemiska statusen har bedömts vara sämre än god i nedre loppet av Kyro älv, Lehmäjoki och Orismalajoki. Den dåliga kemiska statusen är en följd av dräneringen av sura sulfatjordar.

I åtgärdsprogrammet har man för varje sektor (gles- och fritidsbebyggelse, samhällenas avloppsvatten, torvtäkt, pälsproduktion, jordbruk, skogsbruk, vattenbyggnation och reglering, restaureringar av vattendrag, jordmånens surhet) uppskattat de åtgärder som är nödvändiga för att statusmålen skall uppnås. För att uppnå god status i vattendragen krävs även kunskapsmässiga, ekonomiska och administrativa styrmetoder. Rådgivning och utbildning behövs speciellt om vattenvården för glesbebyggelse, jordbruk och skogsbruk samt i samband med åtgärderna för markbunden försurning. De förslagna åtgärderna förbättrar tydligt statusen i Kyro älv och med hjälp av dem kan god status uppnås i 16 av vattenförekomsterna innan år 2015. I tjugotvå av förekomsterna behövs tilläggs tid till endera 2021 eller 2027 på grund av olika tekniska orsaker eller orsaker bundna till naturförhållandena. Om de föreslagna åtgärderna förverkligas förbättras invånarnas trivsel, rekreations- och fiskemöjligheter samt förutsättningarna för vattenuttag.